Возник в 1893 году как селение Новая Деревня (неофициальное название — Гусевка) в связи с постройкой железнодорожного моста через реку Обь при проведении Транссибирской магистрали. В 1894 году Новая Деревня переименована в посёлок Александровский, в честь императора Александра III, инициатора строительства Транссиба, а уже в 1895 году посёлок переименован в Новониколаевский в честь императора Николая II. В 1903 году преобразован в безуездный город Новониколаевск. Компонента ново- включена в название для отличия от названий двух других существовавших тогда городов с названием «Николаевск»: в устье Амура (с 1926 года — Николаевск-на-Амуре) и в Заволжье (с 1918 года — Пугачёв). В 1926 году Новониколаевск переименован в Новосибирск