Не. Есть ветка master, на которой тупо README как пользоваться репой и Git (да, они таки себе работают с Git).
Дальше создают ветку под домен. К примеру,
site.com. Туда запихуёвывают свои файлы. И отправляют на сервер. Когда новый домен - создают новую ветку, к примеру
site15.com и опять же, на сервер (там где должен размещаться
site15.com). Если нужно поработать с существующим - переключаются и там работают. Базового каркаса нету. Просто создают HTML файлы и фигачат код. Структура может совпадать (или нет), но всё под разные домены.