Создать на компе git репозиторий и все изменения коммитить будь то на свой сервер gitlab, установленный в организации, или на сервисы типа github/bitbucket/gitlab в приватные репозитории. А на сервер либо деплоером выгружать, либо скачивать репу на сервер и разворачивать там, либо по-старинке вручную по ftp. Здесь уже от возможностей хостинга зависит.