Если альтер всего по пяти лямам у вас "долгий" процесс то явно у вас с базой что то не то ) особо извращенные товарищи на действительно больших таблицах что бы избежать лока во время альтера - сначала копируют основную таблицу, применяют к ней альтер, синкают, и меняют таблицы