1) ты не можешь юзать прямо те же манифесты что юзает istioctl ( а istio-operator это как раз делает) , то есть ты завязываешься на реализацию банзая и страдаешь если они решили какую то ручку для настройки не делпть опенсурсрной ( можете у них в гите статус посмотреть)
2) У них заявлено что это как бы мультикластер меш с единой сетью, но по факту это shared control plane вместо relpicated
3) Ну и как бы istio-operator выходит с каждым релизом истио , и так как он полный жизненный цикл покрывает не хочется остаться со сломанным истио из за того что пацаны из банзая че то там не учли когда новый релиз делали ( а с этим у них там вообще какая то путаница нету release notes, минорные релизы с багфиксами прилетают позже)