Если чарт - по сути его часть, так и держи там же
Мы с подходом общей репы для деплоймента компонентов продуктов живём уже 5 лет, проблем нет.
Что там с кодом компонента произошло - в подавляющем большинстве случаев неважно, деплоймент - штука, которая меняется намного реже.