типа Flux<String> ->veryExpensiveConverter-> Flux<DTO> ->
filter1 -> 1) Flux<Dto>
filter2 -> 2) Flux<Dto>
cheapConverter ->3)Flux<Dto1>
Я немного не понял, на каком этапе ты хочешь обработать все за раз, с каждого паблишера либо когда их смержил, но тебе нужно будет тогда твой flux собрать в Mono, обработать лист стрингов и обратно вернуть во Flux, т.е. Flux<String> -> collectList -> expensiveOperation -> flatMapMany -> operations for flux