только чем монга поможет - ну упадет в другом месте по налл пойнтеру

1)А много вариантов?
Если речь про блокирующий JPA, то вот в таком примере по парето покрыватеся большинство функционала (возможны опечатки):

public interface MyShinyEntityRepository extends
    CrudRepository<MyShinyEntity, Long>,
    PagingAndSortingRepository<MyShinyEntity, Long>,
    JpaSpecificationExecutor<MyShinyEntity>
{
    @Query("select a from MyShinyEntity a where a.param = :param")
    Page<MyShinyEntity> findPage(@Param("param") String param, Pageable pageable); 
    
    @Query("select a from MyShinyEntity a where a.param = :param")
    List<MyShinyEntity> findAll(@Param("param") String param); 
    
    @Query(value = "select * from insights_article_param where param = :uniqueParam", nativeQuery = true)
    Optional<MyShinyEntity> findSingle(@Param("uniqueParam") String param); 
}

2) Liquibase хорош и наиболее функционален. Запускается разными путями. Мой любимый - при старте spring-boot приложения. Настраивается строчкой конфига:
spring.liquibase.change-log=classpath:/liquibase/changelog.xml

3) Я так и не разобрался еще зачем нужны jwt токены если есть access/refresh токены и распределенный редис с секюрити стейтом.Но наверняка что-то для этого есть в spring-security.

ничего сложного нет

вот если поможешь отыскать будет бесценно

немного громоздко, но апи годное, можно поверх интеграцию накатать https://gist.github.com/lex-em/362436f10712d3ab75947a6a97eead91