AE
Вообще, можно вручную. Скопировать все джарки библиотек, классы и ресурсы, а дальше по-старинке:
java -cp.... MyApp
Ну по идее да, скопировать зависимости и отдельным слоем приложение без перепаковки. Но может там из коробки что хитрее есть, что бы при изменении зависимостей весь слой не лопатить