Делать во внешнем приложении каждодневные операции - это ж куча действий по синхронизации. Так прямо в Идее изменения раскиданы по ченджлистам, и всё прямо в редакторе видно, тот ченджлист или нет. А так придётся соображать перед коммитом, что надо стейджить, можно ошибиться