флекс сейчас смотрит на их размер, после чего распихивает их по горизонтали с равномерными дырками между них. Двигать их через left/top нельзя. Если ты меняешь как-то дивы, добавляешь отступы и т.п. - flex пересчитывает их позицию так, чтобы между ними было равное количество места