Тут вроде проблема в переменной но не факт... дебагером такие конструкции не получается у меня понять(.

Так выведи его stdout и stderr в консоль и посмотри чего он пишет.

так вообще не пойдёт. надо учиться

Так учусь( литературу читаю но срок понедельник не успеваю сдать (

я выше написал, а так попробуй сначала на бумажке последовательто написать шаги, что нужно делать чтобы к результату прийти.
так далеко на уйти, если просто что то накидывать и не понимать что происходит

Но лучше всего вывести все сообщения твоего процесса и посмотреть чего будет

вывел
понял, что какая-то проблема с торчем
странно только, почему такой же скрипт нормально работает из терминала

public static void replaceFromFileRegex(File file,String replace, String replacement) throws IOException {
       Pattern pattern = Pattern.compile(replace);
       BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(file));
       String line = "";
       String write = "";
       while ((line = reader.readLine()) != null) {
           Matcher matcher = pattern.matcher(line);
           if (matcher.find()) {
               write = matcher.replaceAll(replacement);
           }
       }
       reader.close();
       BufferedWriter bufferedWriter = new BufferedWriter((new FileWriter(file, true)));
       bufferedWriter.write(String.valueOf(write));
       bufferedWriter.close();
   }

Я бы проверил вещи типа прав / рабочего каталога / передачи ключей в комманду

саму команду я проверил перед вызовом, доступ вряд ли с проблемой, так как вызов происходит и возвращает уже описание питоновских ошибок

Ну просто ты когда из джавы запускаешь, у тебя же всё считается относительно того, как джава запущена. И права от неё, и рабочий каталог, и окружение

вы мой вопрос видели ?

Вообще такое и загуглить можно
https://github.com/cko/predefined_maven_properties/blob/master/README.md