Из опыта работы в ecomerce могу сказать уверенно - для им нет лучших практик! Начиная от модели хранения данных, заканчивая архитектурой. Про апи все же могу сказать что лучше смотреть в сторону других языков. Например go.
Мне кажется наиболее важны "глобальные лучшие практики" типа архитектуры проекта, написать поддерживаемый и расширяемый продукт, продумать взаимодействие сервисов, потоки данных. А конкретные для магазинов, или е-commerce или ещё чего либо это лишь частные случаи.