JavaEE "даёт всё аспекты" сразу, плата за это - тяжеловесные контейнеры
В Spring можно "набирать" нужные аспекты под конкретные потребности
При этом, для JavaEE нужны сервера приложений, которые предоставляют среду исполнения поддерживающую всю спецификацию JEE, то есть все аспекты из коробки.
А для Spring сервера приложений не нужны. Да, часто в Spring используются встроенные сервлет-контейнеры (лишь часть JEE)