О личности новгородского ересиарха прямых достоверных сведений практически нет. Сообщения о неком «жидовине», положившем начало ереси, появляется в 1490 году у новгородского архиепископа Геннадия в послании митрополиту Зосиме. По имени он назван в антиеретическом трактате Иосифа Волоцкого «Просветитель». В этом трактате утверждается, что учёный еврей прибыл из Киева, в свите луцкого князя Михаила Олельковича, поставленного королём Польши Казимиром князем на Новгород в 1470 году. От него-то, по утверждению архиепископа Геннадия и Иосифа Волоцкого, и пошла ересь в Новгороде.
Скудность сведений о Схарии позволила выдвинуть предположение, что это легендарная личность, выдуманная противниками жидовствующих (архиепископом Геннадием и Иосифом Волоцким) для дискредитации движения. Эта версия получила широкое распространение в советской историографии. Активным сторонником этой версии был Я. С. Лурье. Подобных взглядов придерживался и Р. Г. Скрынников. А. А. Зимин высказывался более осторожно, предполагая, что в качестве проповедника-иудея противники ереси представили реально существующего Схарию, но отрицает его влияние на формирование ереси.
Однако, кроме «Просветителя» Иосифа Волоцкого, есть ещё, по меньшей мере, один источник, который упоминает имя новгородского ересиарха. Это — послание инока Саввы с Сенного острова послу Ивана III в Крыму Дмитрию Шеину[37]. Этот компилятивный труд содержит антииудейскою полемику, упоминает известного иноку «жидовина Захария Скару», представленного как соблазняющего в «жидовскую веру» великокняжеского посла. Упоминание Саввой «новгороцких попов, веру жидовскую приемшим» позволяет предположить, что в этом тексте речь идёт о «начальнике жидовской ереси» Схарии.
Тот же самый «жидовин Захария Скара» упоминается в дипломатической переписке московского великого князя с бывшим правителем Матреги Захарией Гизольфи.
Согласно первой версии иудейским эмиссаром в Новгороде стал Захария де Гизольфи, получеркес, полуитальянец по происхождению. По мнению Г. М. Прохорова Гизольфи стал обращенным из христианства караимом и был тем странствующим проповедником, смутившим веру новгородцев. Однако эта версия содержит ряд противоречий и анахронизмов. Своим появлением эта версия обязана сохранившейся в «Посольской книге» переписке великого князя Ивана III с «таманским князем» Захарией, который сначала именуется «Захарией евреянином» (в тексте послания), «Захарией Скарой жидовином» (в комментарии в посольской книге)[38], затем, после получения послания от Захарии, отправленного на этот раз с доверенным лицом и так же сохранившемся в посольской книге, «князем таманским» и даже «фрязиным»[39]. Биография таманского князя достаточно хорошо известна благодаря документам генуэзского архива, исследованным в XIX веке профессором Новороссийского университета Ф. К. Бруном[40][41], и она не оставляет места для его далёкого путешествия на север в 1470 в свите луцкого князя. Почему возникла такая путаница в именах, остаётся только догадываться. Это могла быть и интрига, и просто ошибка. Одно несомненно: имя Захарии Скары московским посольским дьякам было известно.
Вторая версия была предложена Юлием Бруцкусом. Согласно этой версии иудейским эмиссаром мог оказаться известный киевский учёный еврей Захария бен Аарон га-Коген[42]. Эта версия активно поддержана профессором Иерусалимского университета гебраистики М. Таубе. Имя Схарии-философа неожиданно обнаруживается в Псалтыри XVI века из библиотеки Киевской Духовной Академии. Профессор Таубе обращает внимание, что термины Схарии из Псалтыри совпадает с терминами, применяемыми в «Логике» жидовствующих[43]. Очевидно, Схарии принадлежит и перевод части ветхозаветных книг из Виленского Ветхозаветного свода[44]. Текстологические исследования основного корпуса литературы жидовствующих подтверждают причастность к переводам этого представителя еврейской образованности[45]. А. Ю. Григоренко по этому поводу пишет: «…Мы не знаем, что Иван III приглашал к себе на службу Захарию бен Арона га Когена, сведений о том, что этот Захария ездил на Русь, у нас нет»[46].