Аргумент 1, про первопричину.
Когда религии противопоставляется материализм, обычно предполагается, что мир познаваем, что наука может всему найти объяснение. Свойства предметов определяются свойствами веществ, из которых они состоят, свойства веществ мы можем объяснить через свойства молекул, далее — атомов, элементарных частиц, кварков и глюонов, и, возможно, ещё на множество уровней вглубь, но когда мы дойдём до некой первоосновы, получится, что её свойства ничем не объясняются, получится, что что-то обладает некими свойствами без какой-либо причины. По сути отличие материализма и религии в том, что материализм предполагает неразумную первооснову (функционирующую, по-сути, чудесным образом), а религия утверждает, что Первооснова разумна, или даже сверхразумна. Это, конечно, не доказывает существование Бога, но, при этом, вряд ли атеизм можно считать научно обоснованным выбором: это всего лишь предположение о свойствах первоосновы, не подкреплённое фактами.
Аргумент 2, про сознание.
Когда мы говорим «сознание», то на самом деле говорим одновременно о двух разных вещах. Одна из них — это то, что мы знаем о собственном существовании, обладаем этой информацией и действуем в соответствии в нею, но если мы сделаем разумный компьютер, мы будем всё-таки предполагать, что это просто бездушная машина, выключить его — это будет совсем не то же самое, что убить человека, или даже хотя бы кота. Интуитивно мы понимаем разницу между «одушевлённое» и «неодушествлённое», между тем, что на самом деле чувствует, и тем, что просто реагирует, пусть даже очень сложным образом. Мы примерно можем сказать, как и почему мы мыслим и чувствуем, но по крайней мере лично я не могу, опираясь на все имеющиеся у меня знания о строении человека, объяснить, почему я именно чувствую на самом деле, а не являюсь просто очень сложным биокомпьютером. Кажется в философии соответствующее понятие называется квалиа. Опять же, это само по себе не доказывает существование Бога, но, при этом, мы получаем нюанс, который нельзя объяснить исходя из всего, что мы знаем. Понятно, что разделение понятия «сознание» на эти два разных составляющих легко оспорить, примерно как разумная глубоководная рыба могла бы отвергнуть понятие «мокрый», потому что речь о чём-то само собой разумеющемся, о том, что чувствуется всегда и, поэтому, как бы и не заметно. Но, чтобы лучше понять, о чём речь, предоставим такую ситуацию: человека сначала уничтожают (моментально и безболезненно), а потом воссоздают с идеальной точностью, будет ли это тот же самый человек, или другой — просто такой же? Если не вводить концепцию души, то разницы между уничтоженным и воссозданным нет, но наверняка никто не захотел бы пойти на такую процедуру, потому что интуитивно мы понимаем, что воссозданная копия наверное была бы уже другим человеком, а наше существование (по крайней мере в нынешнем виде) могло бы прекратиться в момент уничтожения. То есть, интуитивно мы понимаем, что наше сознание определяется не только физической составляющей.