А совместимость библиотек с ядром ОС бывает, что ломается? Ядро же не живёт в докере как я понял. Ну кроме виндовой версии самого докера.
Только если очень специальный код, завязанный на функции ядра. Обычно языки скрывают детали реализации в стандартной библиотеке с той или иной степенью успешности. На том же питоне можно писать относительно сложные переносимые программы работающие как под Виндой, так и под *nix . Но если применять специфические механизмы ОС - теряется переносимость.