проблемы с тем что весь код завязан на App тоже не оч существенные, всегда можно пойти по MonadTrans-пути и просто лифтать все вручную
неудобно, да, но нерешаемой проблемы, как ты хочешь показать, нет, просто чуть больше страданий. Хелперы для App решат большую часть страданий, в остальных редких местах лифтить
и в итоге получается тот же код что и у FT + ручной лифтинг