Если внутри одного скрипта обращаешься ко многим таблицам и получается, что за 15 секунд, например, обратился к 30 таблицам, то Google это видит, предполагает, что не уложишься в квоту и некоторые запросы блокирует.
Решать с помощью sleep (Роман уже написал про это) между запросами, либо с помощью увеличения своей квоты.