Я стараюсь всегда по возможности избегать apt-get install, потому что там как правило все устаревшее (если не использую фирменный PPA от проивзодителя нужного мне софта, конечно)
Ну я бы наоборот советовал всегда ставить из пакетов, чтобы не было проблем с обновлением или удалением. Другой вопрос, что ppa нужен для свежих версий, да. Но в новой бубунту 1.13 так что терпимо