Будем честны, идеального нет
идеал тем и идеал, что не существует 🙂
но опять-же сильно зависит от случая применения..
если конфиги сложные, то YML может быть хорошим вариантом
если конфиги не сильно сложные и небольшие я предпочту TOML
если надо quick’n’dirty тогда JSON вполне может сгодиться