Проблема в том, что если файл на пару клок, то его сложно «вписать» в майндмэп проекта и если нет каких-то скоупов/ замыканий, то вещи из разных логических единиц могут «протекать» в друг друга, а это 📈 coupling, затрудняет изменения/рефакторинг
Щодо плюсів одного великого файлу: такий файл дозволяє обійти ієрархічну організацію файлової системи. ІДЕ може сама створювати в’юшки для будь-якої структури: хочеш ієрархічно, хочеш у вигляді якогось графу, і т.д.