А чего цепочка разная? Метод hasOwnProperty на одном и том же объекте же вызывается?
уточню: лукап самого метода. цепочка разная, потому что в одном случае будет лукап инстанс-прототип-родительский прототип-этс, в другом ты сразу получаешь из Object.prototype