Хороший совет на будущее, что в групповых проектах, что в отношении какой то библиотеки не редактировать исходники другого разработчика своими руками. Либо наследуйте, либо форкайте. (первы вариант предпочтительнее)
Что касается бутстрапа, он давно еще под закат 3 версии переехал на препроцессоры (или то была не 3 а бетка 4, не помню уже, не бейте). В вашем случае лучший вариант это сделать "свою сборку" бутстрапа из исходников только с другими параметрами.
https://getbootstrap.com/docs/4.0/getting-started/theming/Я настоятельно рекомендую вам освоится с содержимым этой статьи и применять полученные знания не только в тех случаях, когда вам нужно поменять отступы, но и в целом во всех проектах где вы используете бутстрап.