не всегда, у агентов бывают выгодные предложения, например, они умеют клеить билеты с более длинными стыками, которые не ищутся на сайте а/к, самый яркий пример - Gulf Air
при этом в случае любых проблем иметь билет, купленный напрямую у а/к - проще для нервов