будет ли работать схема LUKS2 на весь диск + btrfs поверх него, разбитый на subvolumes как мне надо + swapfile на отдельном subvolume поверх на этом btrfs + systemd-boot для загрузки этого добра с поддержкой suspend-to-disk (hibernation)?
В целом да, но я не уверен, что systemd-boot сможев во всё, что ты перечислил. grub вроде могёт.