Так а что можно такого вытворить, чтобы этому внешняя таблица помешала? Ну не даст она удалить запись или ее id сменить просто так. Ну так это и к лучшему, наверное...
Ну так а обновление на 3.х достаточно глобальный скачок изменений, пользователи вроде это понимают, что что-то может отвалиться. Смена на InnoDB таблиц здесь не настолько сильным потрясением кажется, как всё остальное :)