как тогда быть с минификацией всех js в один мега-файл? её не будет, так как разные страницы будут иметь разный набор js
Для особо упортоых и создали все эти сборщики в один файл. Ключевое тут больше в том что это не удобно читать из одного файла, т.к. код для людей пишется. А после, конечно, можно хоть html в одну строку вытянуть, хоть любой исполняемый код.
В случае с разделением данных удобнее читать во вьюхе тот js который используется именно в ней. Например, базовые переключалки, скрывалки, таблицы с сортировкой-фильтрами или ajax запросы.