Я уже неоднократно сталкивался с проектами, которые сделаны вроде как на Эво, но переписано все в хвост и гриву. Часто такое встречается, когда за него впервые берутся тру-пхпшники и отказываются от всех дефолтных или околодефолтных благ и начинают иппашить свое. Поддерживать такую вакханалию очень сложно. В особенности когда они контент херачат в кастомных таблицах.
У Ревы же другой косяк. За нее часто берутся тру-быдлоцмсники, которые не видят принципиальной разницы между Битриксом, WordPress'ом или MODX.

с обновлением сайтов с шопкипером и аякссерчем тоже нужно проявлять осторожность, там часто правят как минимум файлы с шаблонами