Сейчас в том же фрейме. Но, думаю, было бы в отдельном до моих изменений:
Я org-noter пользуюсь, он при открытии пдфки по умолчанию создаёт новый фрейм. Как понял, с этим как-то связано. Хотя раньше не замечал, всё нормально было. Поменял ему настройку, чтобы использовал текущий фрейм. Теперь попапы в том же фрейме остаются.