Это не ответ на исходный вопрос, но на всякий случай: я не использую ssh-агент, а использую gpg-agent, и проблем с exwm нету.
Понял, значит с epa/epg все нормально.
Уверен, что проблема именно в tramp, а не gpg агенте или exwm - он просто висит и ждет, пока агент даст ему ключ, блокируя все остальные процессы, в том числе открытие окон через xcb.
Та же проблема и в других wm при использовании pinentry-emacs (идёт в пакете pinentry, открывает ввод пароля в минибуфере) - пока не убьешь tramp, промпт для ввода не появится.
К сожалению, я очень плохо знаю имакс и лисп, поэтому нормально отдебажить или прикрутить туда асинк не могу. Завтра запилю баг-репорт наверно.