Как это работает? В десктопном браузере друпал делает чистые ссылки /ru/path, а в мобильном грязные — /index.php/ru/path. Nginx+fpm А местами и /index.php/index.php/ru/path, ведущие в 404. И всё это во вьюхах
Если всерьёз, то скаффолдиг происходит при каждом апдейте проекта. Ну и, соответственно, не будет же он каждый раз в конец добавлять к тому, что уже добавленою