Дык нет. В случае с фильтрами - нет. Если посмотреть на ModuleInstaller::uninstall(), то есть там вызов validateUninstall()
https://git.drupalcode.org/project/drupal/-/blob/8.9.x/core/lib/Drupal/Core/Extension/ModuleInstaller.php#L394, раньше чем каких бы то ни было хуков и тд.
А validateUninstall делает простую вещь
foreach ($this->uninstallValidators as $validator) {
$validation_reasons = $validator->validate($module);
Среди $this->uninstallValidators у нас есть
https://git.drupalcode.org/project/drupal/-/blob/8.9.x/core/modules/filter/src/FilterUninstallValidator.php, который проверяет, есть ли в активном конфиге форматов фильтры, зависящие от деинсталлируемого модуля. Они есть, поскольку конфиг, где они удалены, ещё не импортировлся. Всё, выбрасывается исключение. И порядок инсталляции/деинсталляции здесь ни при чём.