На типовом проекте JS/CSS либы обычно не требуется часто обновлять для них почти не бывает SA, и между собой они редко конфликтуют, Поэтому смысла ставить их черех менеджер пакетов нет.
Это идёт от особенностей ЯП. В PHP нельзя иметь два класса с одним и тем же именем (Cannot declare class because its already defined). Поэтому нет никакой возможности загрузить две версии одной и той же библиотеки. В JS неймспейсов как таковых нет, соответственно и нет проблемы.