Golphyn
1) Инжектить свой код в тот процесс и хукать в апишные функции
2) Подсовывать в проект свою апи совместимую обертку над crypt32.dll, в ней логировать вызовы или куда-то стучать с информацией об этом, и перенаправлять вызовы на оригинальную библиотеку
3) Писать драйвер и уже из ring0 осуществлять слежку за сисколами
Ну 3, даст больше прав, но ничего не поменяется