Если я сначала залил репу, а потом уже решил добавить .gitignore, то короч ничего не получится?
.gitignore регулирует что он будет коммитить, а что нет, но он не заставит потом удалить файлы, если они уже в репе. Либо начинай заново (проще), либо сделай force push репы в том состоянии что тебе надо