бесшовно есть вариант только адаптируя приложение, можно попытаться по следующим шагам:
1) научить приложение работать с обеими СУБД
2) выделить таблицы, которые работают только на insert и сразу вставку и обращение к ним перевести на MongoDB
3) таблицы с активным update/delete - операции производить сразу в двух банках после первичной миграции с даунтаймом
4) перевести чтение на Mongo