поэтому в файл верстки рекомендуется вставлять все изображения в CMYK. Но.. при экспорте ты можешь задать цветовой профиль в который будут экспортироваться изображения из верстки в пдф. И поэтому хоть ПНГ вставляй - без разницы. И тут возникает вопрос цветового профиля с которым работает типография печатающая книгу.
и потом в полученном пдф, как у тебя будет отображаться лого, так и должно быть на печати. (ну примерно, с учетом погрешности впитывания бумагой краски)