Ну, так проблема в чем?
Монга в индексы не умеет?
В том, что у него индексы пересекающиеся. Насколько я помню, монга выбирает в таком случае индекс смотря на worksPlan, и весьма вероятно, он сталкивается с тем, что у него монга выбирает совсем не тот индекс, который он ожидает