Пока не могу посмотреть, но перед тем, как двигать, надо откатить таймлайн до момента, когда ещё не был создан эскиз, которым вырезаются эти отверстия в другом компоненте. Передвинуть, сделать capture (если двигался компонент, а не тело внутри него) и перемотать таймлайн вперёд. Должно перестроится.
Вы же двигаете (тело или компонент) после операции проекции (создание эскиза), поэтому это никак не влияет на другой компонент.
Разбирайтесь с работой таймлайна. Вы же с историей сейчас работаете?
Да, с историей