попробуйте до отверстий вытянуть верхнюю поверхность вверх на пару миллиметров при помощи offset face. а потом ровненько обрезать при помощи extrude и нового эскиза. Так будет создана точно ровная поверхность
⚠️ обновлена информация в сводной таблице по лицензиям. Таблица отражает только моё понимание и не является официальным источником информации. Хотя и базируется на официальных открытых источниках. Англоязычную страничку и столбец про education не смотрите, там может быть не актуально. dadapasha.ru/fusion360-license