Административно энфорсить решение начальникам отделов? Не командам, не проектам, а административным единицам? Начальники отделов сами должны обеспечить работающие совместные релизы, иначе их напрасно назначили на административные должности. Или зря их назвали отделами.
Если сами не могут договориться, тогда протокол спускается сверху. Скорее всего он будет менее эффективен, чем если бы сами договорились. И менее удобен обоим. Но это уже их проблемы, которые они могли решить на предыдущем шаге. Через год можно дать возможность снова самим договориться.
А с чего у них разные системы? Если они делают один продукт, то цепочка доставки продукта общая. А что внутри продукта при сборке разные подходы используются - так не страшно. А вот если фронт и бэк считать разными продуктами - то все грустно, но это не технологическая ошибка, а ошибка их руководителя по выделению единиц ценности.