Я обычно паддинг в процентах юзаю либо когда надо отступы главной секции от краев экрана
Либо для таких случаев:
Есть контейнер, в нем иконка 100%х100% и иногда мне удобно задать паддинги кониейнеру что-бы масштабировать иконку, но это не всегда норм подход, лучше избегать паддингов в процентах, как минимум не пихать везде