Если прямо совсем что-то извращенное нужно, билд можно кастомизировать кодом на расте. Гуглить
build.rs.
Версию компилятора можно задавать. Cargo скачает весь туллчейн, если он не установлен, и будет собирать им. С эмбедед не работал, но вроде у раста с этим нет особых проблем. Альтернативными компиляторами не интересовался.