Оно может исчезнуть, при обновлении темы.
Да, после обновления темы wp слетят настройки прописанные ранее, поэтому и надо через дочку редактить). А удалить код метрики можно без разницы через что.
Но опять же, чтобы на всякий случай после обновления что нибудь не слетело, лучше через фтп)