При установленной галочке Run 32-bit... все вызовы и переменные будут браться из 32 битного окружения. Т.е. при наличии данной галочки нужно указывать %ProgramFiles%\, SCCM сам подхватит переменную ProgramFiles из 32 битного окружения и разрезолвит в C:\Program Files (x86).