сегодня пробовал переделать тест под libserial в составе убунты, вообще не инициализировал никаких дескрипторов в коде, все переложил на плечи библиотеки - результат такой же.
я понимаю так, что ядро как-то не корректно обрабатывает сигналы от считывателя, возможно он дергает RTS/CTS в процессе передачи, хотя оно выключено, вот ядро и добавляет "помехи в ответ"