смотри
Я раньше переходил в папку сборки где лежит контекст и выполнял команду
dotnet ef migrations add Init
Насколько я понимаю оно не могло определить стартовый проект и где вообще собирается сам контекст
Тогда я нагуглил аргументы которые позволяют указать это явно
dotnet ef migrations add Init -s startProject -p contextProject
-s - стартовый проект
-p - проект в котором лежит контекст
И миграции запустились, более того, миграции сразу идут в проект в котором лежит контекст а это то, чего я добивался с самого начала