Я думал создать ещё одну таблицу и хранить там просто id запроса и id предметов.
Я не знаю просто что ответить. Ты сам все решил. Как вариант создать создать одну таблицу тупо с перечислением инструментов, а в другую со сделанными ремонтами и ссылками на инструмент