Да. Идея в том, что файл правится двумя способами: 1. человеческими руками - отступы, запятые, комментарии и #_ 2. Мышкой в GUI человек жмакнул какой-то CheckBox и тогда в файле без нарушения форматирования делается (update-in cfg [,,,] not)
думаю, что тогда если что-то поменяли в UI, а потом захотели подправить руками, изменений из UI в ручном конфиге не будет, и нужно будет сначала выключить в UI чтобы при мерже ручные изменения не перетерлись. Или наоборот.
В общем это добавляет необходимость системы приоритета более новых изменений при мерже, что мягко говоря не самая лучшая идея кмк